従来はコースの読みあいだったVSに、タイミングの読みあいの要素を追加しました。
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| 打者の狙ったタイミングどんぴしゃの状態です。バッティング/ピッチングカーソルのサイズが大きくなり、打者有利となります。 | 打者の狙ったタイミングとやや外れていますが、対応できる範囲という状態です。バッティング/ピッチングカーソルのサイズに変化はありません。純粋にコースの読みあいによる勝負となります。 | 打者の狙ったタイミングを、完全に外された状態です。バッティング/ピッチングカーソルのサイズが小さくなる上に、バッティングカーソルの真芯（赤色の部分）が消滅し、投手有利となります。 |
采配の結果に応じてベンチのムードが上下し、チームの打率に影響する「ベンチムード」システムにも新要素です。
采配の結果によってベンチムードが大きく動く勝負所では、「！」アイコンが表示されるようになりました。
「！」は最大3つまで表示され、この状態で良い成果を出すと、ベンチムードが大きく上昇します。
機を逃さずに、試合をものにしましょう。
選手のモチベーションが高いと、試合に臨む際のコンディションが良い状態になりやすくなります。
今作では、選手が自身のモチベーションに対してコメントを述べるようになりました。
選手のコメントをもとに起用を考え、チーム全員のモチベーションを高くキープすることが勝利への第1歩です。
モチベーションに関するコメントは、情報閲覧の選手情報で確認できます。
なお本作より、従来は50％をデフォルトとして最低0％〜最高100％だったモチベーション表記を、100％をデフォルトとした最低0％〜最高200％で表記するようになりました。
同じ球団を率いるプレーヤー同士、一丸となって球団の優勝を目指す！それがヒーローズペナントです。みんなの頑張りが、試合結果を、球団の行く末を左右します。
ペナントレースの成績を比べたいと思ったことはありませんか？ネット越しの対戦相手の采配に感心し、どんな人なのか気になったことはありませんか？そんな時こそ「ライバル」の登録をしましょう！
友達にベースボールヒーローズを紹介すると、紹介した プレーヤーが師匠、紹介されたプレーヤーが弟子となるシステムです。あなたの紹介で、明日の名監督が誕生するかも…!?
世界を熱狂させた'09 WORLD BASEBALL CLASSIC™が新モードとして登場！
（社）日本野球機構承認 NPB BISプロ野球公式記録使用 フランチャイズ12球場＋スカイマークスタジアム公認 （社）全国野球振興会公認
ゲーム内に再現された球場内看板は、原則として2009年プロ野球ペナントシーズン中のデータを基に制作しています。
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