Anno: 2016 -- gli Stati Uniti d'America A 10.600 metri di quota, è stato dirottato il Volo 326, un jumbo jet passeggeri. Le generalità del terrorista non sono ancora note. L’aereo è saturo di vecuronio bromuro, un miorilassante che può rivelarsi fatale agli esseri umani, se inalato in quantità eccessiva. Tutti i 517 passeggeri a bordo del Volo 326 sono rimasti paralizzati dalle esalazioni tossiche del vecuronio bromuro, e pare che tra i passeggeri vi sia anche il senatore Hach, uno dei più importanti candidati alle imminenti elezioni. Lo scenario si sposta sull’Isola di Lobito, nella Repubblica del Moloni, una piccola nazione nel sud dell’Africa. Le strutture del Laboratorio di Fisica e Chimica di Lobito che vi hanno sede sono sorvegliate da un gruppo di miliziani sconosciuto. Sulle rive dell’isola, ecco comparire un uomo. Quell’uomo non è altri che Solid Snake name is Solid Snake. Il dirottatore del Volo 326 ha avanzato una sola richiesta: l’immediata consegna di “Pythagoras”. Il governo statunitense ha condotto un’indagine sia sul dirottatore sia sul significato della parola “Pythagoras”, e l’unica cosa che ha scoperto è che si tratta del nome di un progetto di ricerca in corso sull’Isola di Lobito. Il governo del Moloni si è rifiutato di collaborare con gli USA, sostenendo che i governi stranieri non hanno il diritto di interferire negli affari interni del Moloni. Spazientiti dalla mancata collaborazione da parte delle alte cariche della Repubblica del Moloni, gli uomini del governo statunitense hanno inviato a indagare sull’isola un reparto di forze speciali HRT. Il reparto è stato poi attaccato da un gruppo di miliziani di stanza sull’isola, e ora l’intera missione è compromessa e tutte le comunicazioni sono interrotte. Per ironia della sorte, questo incidente ha rappresentato l’opportunità ideale per scoprire cosa si cela dietro la ricerca top-secret in corso nel Laboratorio di Fisica e Chimica di Lobito. Esasperato, il governo statunitense non ha avuto altra scelta che quella di richiamare in servizio uno dei suoi agenti a riposo. L’agente in questione non è altri che il leggendario mercenario Solid Snake. La pazienza del dirottatore sta per esaurirsi e il tempo sta per scadere. Le risposte vanno cercate all’interno di un centro di ricerca segreto nella sperduta isola di Lobito, dove le cose non sono sempre come sembrano. Solid Snake accetta questa nuova missione, pronto ancora una volta a combattere per la giustizia.