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生きて帰って・・・、ただそれだけでいい・・・。 西暦2058年  ― 帝都東京。突如始まった“ミーム”と呼ばれる螺旋情報柱体の侵略により、人類は滅亡の危機に瀕していた。 侵略者ミームは実体を持たない情報だけの集合生命体であり、人々を襲い次々と吸収、同化。その3年に及ぶ激しい攻勢により、地球人口の半数が失われる。 地球側劣勢の中、対ミーム機関、帝国防衛第六特務機関“帝特六機”では司令官である鷹乃巣禊の下、ミームによって肉体の一部を侵食された者達が集結。蒼く輝くミームの拠点“月面ストラタス”から飛来する巨大生体侵攻兵器“特異点”に絶望的な闘いを挑んでいった。 過去にミームの侵食を受け、防疫所に監禁されていた九断征四郎は、その特異な経歴に目を付けた禊によって強制的に帝特六機に編入させられる。政府の無策によって引き起こされた妹の死や、対特異点の“兵器”として自身を扱う帝特六機に対し強い不信を抱きながらも、青年は闘いに身を投じていくことになる……