深く静かに潜行せよ。敵兵から見つからないように、敵地へ単独で極秘裏に潜入する。それが主人公ネイキッド・スネークの命じられた「スニーキング・ミッション」。『メタルギア ソリッド』はスネークを操作し、敵陣へと忍び込むというゲーム。敵兵は武装し、侵入者を警戒している。地面を這い、周囲に擬装し、敵の目を盗むのだ。目的はソ連領内に捕らわれているソコロフ博士の奪還。特殊部隊FOXのバックアップを受け、危険なジャングルの奥深くへ潜入するという過酷なサバイバルが今はじまる。
ときには待ちうける敵兵を排除しなくてはいけないことも。CQC(Close Quarters Combat)と呼ばれる近接戦闘術を駆使し、敵兵を拘束。尋問・気絶・暗殺と、状況に応じて選び任務を遂行しなければならない。



ニンテンドー3DS本体のジャイロセンサーに対応。吊り橋を渡るときなどに、本体を水平に保つことでバランスを取ることができる。潜入のスリルと興奮を体感しつつ、プレイできるのだ。
『メタルギア ソリッド4 ガンズ・オブ・ザ・パトリオット』で実現した中腰状態でのアクションを本作で導入。豊富なアクションを周囲の状況にあわせ使い分け、よりよい潜入ルートを考えるのだ。
タッチスクリーンで武器・アイテムを直感的にチョイス。マップやLIFEゲージ、カムフラージュ率なども下画面に集約しより機能性がアップ。

HOOTERSで働く、フーターズ・ガールが表紙のマガジンが登場。アイテムとして使用すれば敵兵士もメロメロ!?

ゲーム内にヨッシーが登場!すべてのヨッシーを見つけ、鳴かせることができれば、
隠しアイテムの「ステルス」を入手できる。
