好きなチームを選んで、実際のシーズンさながらにペナントレースを戦い、日本一を目指すモードです。今作では遊びやすさを重視し、試合開始前にチーム全体を操作するのか、監督として采配を振るうかといった「プレイスタイル」を選択できるようになりました。前作の「マジペナント」「フリーペナント」「名将ペナント」といった別モードの遊びを統合し、いつでも自由に遊ぶことができます。

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試合日程はもちろん２００８年公式日程。
さらには本年度から採用されるクライマックスシリーズの新ルール、そして日本シリーズ、KONAMI CUP アジアシリーズまで全て対応しています。リアリティあふれる日程でペナントレースを戦うことができます。

ペナントレースモードでは「ユーティリティ」モードで設定したチーム編成を完全に反映させることが可能です。あなたが作った新しい選手を入れたり、「ＶＰショップ」で変更した覚醒データを反映した状態で始めることができます。またトレード期間中は「スピリッツモード」などで作った選手をいつでも入団させることが可能です。

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試合で活躍したり、シーズン節目の記録を達成することで、経験を得ます。経験を積むと、選手はレベルアップしていきます。さらに、今作では「本拠地特訓」が追加され、好みの選手を集中的に鍛えることができます。特訓の内容は、単純に経験値を得るものから、特殊能力を習得できるものまでさまざまです。

試合開始前に、自分のプレイスタイルを設定することができます。チーム全員を操作する「チームプレイ」、監督として指示や采配を出す「監督プレイ」、1人の選手のみを操作する「フィールドプレイ」、2人のプレイヤーで協力して戦う「協力プレイ」、操作は行わず観客のように試合を楽しむ「観戦」、試合進行をスキップしてすぐに結果を確認できる「結果」。その時の都合に合わせて、お好みのプレイスタイルで楽しめます。

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