理想のクラブの完成をめざすクラブ運営モードです。チームスタッフ選定やスポンサーの選択、選手の発掘はもちろん、ファンを魅了するプレーなど、運営の要素は多岐に渡ります。
好成績を収めることで「UEFA CHAMPIONS LEAGUE」や「UEFA Super Cup」への出場権利も見えてきます。

ウイニングイレブン2011マスターリーグでは、モード内にUEFA CHAMPIONS LEAGUE、UEFA EUROPA LEAGUE（旧UEFA CUP）などの大会を搭載。
リアルなヨーロッパのサッカークラブ運営を実感できるものとなっています。
好成績を上げることで、試合での収益やスポンサー企業の格、サポート内容もアップ。
ファンクラブの拡大、各スポンサーとの来期契約、有力選手の移籍も有利に行えるなど、クラブ運営に大きく関わる大会になります。

相手チーム（コンピュータ）は、ホーム&アウェイはもちろん、ダービーマッチや選手の疲労状況、「UEFA CHAMPIONS LEAGUE」に代表される試合・大会の重要度、対戦チームの強さなどに応じて、攻守意識を緻密に変更したり、スタメンを温存したりします。
試合中でも戦術をリアルタイムに変更。
万全の体制で挑んでくるチームに勝利するには、1試合ごとにスタメンや作戦を考えることがカギとなります。

トレーニングの内容を「フィジカル」「スピード」などから選択すると、選択した項目をチーム全体で強化可能。
下部組織に対しては、毎年8月中に投資額を5段階で設定できます。
投資額を上げることで、有望な選手がユースチームへ入団、シーズン中いつでも下部組織の選手をトップチームに召集することが可能です。

チームの成績に応じて、企業の格も変化。モード内にはさまざまな企業が存在し、複数年契約やホーム連続勝利ボーナス、 大会優勝ボーナス、個人成績ボーナスなど、さまざまなバックアップを受けることができます。
中には契約破棄条件のあるシビアな企業も存在します。

他チームとの移籍交渉は自分で行うことも、スカウトマンに任せることもできます。
移籍期間中に市場評価、所属チームを考慮して交渉を依頼、交渉成立後に移籍条件が提示され合意や中止、改めての条件提示依頼をすることができます。
移籍交渉の結果には、スカウトのレベル、試合結果でのチームの格が大きく影響します。

毎年8月中に5段階で設定できる広告費に応じて、ファンクラブの会員数やグッズ収入が増減。
会員数は、チームの成績にも大きく影響します。

自分で作ったオリジナル選手を操作し、
チームの一員としてヨーロッパクラブでのプロサッカー選手の人生を体験できるモードです。
活躍によって、強豪クラブへの移籍や代表チームへの招集の可能性もあります。

名前、国籍、身長、体重、利き足、写真の取り込みなど、自由度の高い選手作成が可能。
容姿やポジションを設定すると、プロクラブとの契約が完了します。

入団当時は、試合への出場機会を得るために、練習試合や途中出場からの活躍で監督に存在感をアピール。
信頼度を上げることでスタメンへのチャンスを伺います。

オリジナル選手は試合結果で経験値を獲得し、一定値まで増えると成長曲線に沿って各能力が上がります。

選手能力の成長方針を設定することで好みの選手に育てることが可能。
8あるポイントを「シュート」「パス」「ドリブル」「ディフェンス」「スピード」「パワー」「スタミナ」の各項目に振り分けることができ、より多く振り分けた能力が成長。
チームが重視している項目には、さらにポイントが振り分けられています。
優勝などを決める重要な試合や大会、代表での国際試合では、より多くの経験値が得られます。

代表チームへの召集や個人タイトル、ビッグマッチなどイベントの演出もさまざま。
もちろんUEFA CHAMPIONS LEAGUE、UEFA EUROPA LEAGUE（旧UEFA CUP)も搭載。

クラブチームのオーナーとなって、チームの運営を体験できるモードです。
資金を使って選手獲得や監督雇用などの命令を出し、監督にクラブチームの強化や試合の戦術を任せます。
さまざまな大会を制覇してクラブチームの人気を高め、オーナーランキング1位をめざしましょう。
※クラブオーナーモードは、各モードで試合をすると獲得できる「GP」を使って、「エクストラコンテンツ」から購入することで楽しむことができます。

監督が行っている選手獲得とは別に、選手獲得の指示を出すことができます。
国籍やポジション、年齢などを指定して選手を検索。目当ての選手を見つけたあとは、スカウトマンに交渉を任せます。

次の試合の作戦や選手の起用方法を指示することができます。特定の選手を起用させることも可能です。

広告費を追加投資しておくと、チームが注目される大会で結果を残したり、スター選手を獲得したときに、ファンクラブの人数が大きく増加することがあります。
ファンクラブの人数は、チームの成績や収入に影響するために、チーム運営において重要なポイントになります。

移籍交渉を申し込んでいる選手に追加の投資ができます。投資した金額に応じて、選手の獲得率が上昇します。
チームにかならず引き入れたい選手が使うときに効果的です。
現在進んでいる交渉を中止させることも可能です。